اما همیشه این‌طور نیست که علیرغم لذتی که این جعبه‌دنده‌های دستی دارند بهترین گزینه به نظر برسند بلکه در بعضی از شرایط این جعبه‌دنده‌های خودکار هستند که برتری خود را نسبت به آن‌ها ثابت کرده‌اند.
ازآنجایی‌که خریداران خودرو در بازارهایی با تنوع زیاد مانند ایالات‌متحده، به‌ندرت اقدام به خرید مدل‌هایی با جعبه‌دنده دستی می‌کنند، شرکت‌هایی که هنوز خودروهایی با جعبه‌دنده دستی تولید می‌کنند مجبورند قیمت‌های خود را پایین نگه‌داشته و این پایین بودن قیمت موجب کاهش آپشن هایی برای این دنده‌های دستی می‌شود.
برای مثال خودروی لوکس جنسیس G۷۰، هنگامی از یک جعبه‌دنده ۶ سرعته دستی به‌جای ۸ سرعته خودکار استفاده می‌کند که موتور قرارگرفته در آن نیز یک موتور ۲ لیتری ۴ سیلندر باقدرت ۲۵۲ اسب بخار باشد. درحالی‌که موتور قدرتمندتر ۳.۳ لیتری تواین-توربو V۶ باقدرت ۳۶۵ اسب بخار در این خودرو تنها با جعبه‌دنده خودکار عرضه می‌شود. می‌توان این‌طور گفت که با انتخاب جعبه‌دنده دستی در این خودرو، مشتری باید قید قدرت بیشتر را زده و از موتور ضعیف‌تر استفاده کند.
اگرچه تا مدت‌ها، جعبه‌دنده‌های دستی در بحث سرعت از برتری خوبی برخوردار بودند اما امروزه جعبه‌دنده‌های خودکار و دو کلاچه سرعت بالاتر و سریع‌تری را نسبت به رقیبان دستی خوددارند.
یکی از بدترین شاخصه‌هایی که هنگام خرید یک خودرو با جعبه‌دنده دستی در بازارهای جهانی ممکن است برای خریدار پیش بیاید این است که تعداد خودروهایی که فقط از جعبه‌دنده دستی استفاده می‌کنند و همچنین قدرت موتور را نیز فدای این جعبه‌دنده نکرده‌اند بسیار پایین است. مشکلی که در بازار داخلی ایران به لطف وجود خودروهای از رده خارج‌شده چندان به چشم نمی‌آید.
رانندگی با یک خودروی دستی می‌تواند شاخصه‌های دیگری مانند راحتی در پشت ترافیک ماندن و مصرف سوخت را نیز تحت شعاع قرار دهد. جعبه‌دنده‌هایی که یک مشکل دیگرشان تطابق کامل نداشتن سیستم کروز کنترل تطبیقی (Adaptive Cruise Control) بر روی آن‌هاست. برای مثال یکی از این مشکل‌ها هماهنگی کامل این سیستم با جعبه‌دنده برای پایین آوردن سرعت و درنهایت متوقف کردن خودرو است که یکی از مزیت‌های کروز کنترل تطبیقی به شمار رفته و در خودروهای با جعبه‌دنده دستی یک امتیاز منفی محسوب می‌شود.
طرفداران جعبه‌دنده‌های دستی، توجیهشان لذت بیشتر رانندگی با جعبه‌دنده دستی و درگیر بودن بیشتر راننده با خودرو نسبت به نمونه‌های خودکار است. بااین‌حال، این مورد همیشه نمی‌تواند درست از آب دربیاید. برای مثال جعبه‌دنده دستی به‌کاررفته در پورشه ۹۱۱ GT۳ به طرز حیرت‌آوری عالی و جذاب ساخته‌شده که لذت یک رانندگی واقعی با این جعبه‌دنده‌ها را به رانند خودالقا می‌کند؛ اما همین جعبه‌دنده در هیوندای الانترا به‌اندازه‌ای کافی خوب و رضایت‌بخش نیست که بتوان از خیر یک جعبه‌دنده اتوماتیک در آن گذشت.
شاید بازهم بسیاری از دوست داران جعبه‌دنده‌های دستی روی حرف خود پافشاری کرده و این خودروها را نسبت به مدل‌های اتوماتیک مشابهشان برتر بدانند اما کافی است تفاوت رانندگی با تویوتا کرولا دستی و یک کامارو ZL۱ اتومات را دانسته و بدون شک نظر بسیاری از آن‌ها در این مورد عوض خواهد شد.